Cel puțin în cazul lui Galilei, situația e un pic mai dificilă -- de fapt nu atât convingerile lui contrare scripturii au fost cele care erau cât pe ce să-l ducă la spânzurătoare cât faptul că și-a atras dușmănia Papei de atunci, un fost cardinal cu care el mai avusese câte ceva de-a face.
Pe scurt, lucrurile au stat cam așa. Cu câțiva ani (destul de mulți) înainte de proces, lui Galilei deja i se pusese în vedere faptul că opiniile sale sunt contrare celor susținute de Biserica Catolică și că în consecință, ar trebui să înceteze a mai susține afirmația că Pământul s-ar putea mișca. Întrucât Galilei era însă protejatul familiei de Medici, iar cel însărcinat să-i aducă la cunoștință lui Gallilei decizia înalților prelați nu vroia să iște un prea mare scandal, acesta a preferat să îi spună în particular lui Galilei despre decizie, fără a îi înmâna imediat actul oficial, pe care l-a păstrat în dosar. Întrucât Galilei, la rândul său, nu vroia să aibă probleme, s-a conformat și a promis că nu va mai vorbi în public despre sistemul heliocentric -- în general, din cauza nesfârșitelor implicații politice ale oricărei relații cu familiile nobile italiene, Biserica nu prea avea obiceiul de a pedepsi persoanele implicate decât în cazuri grave, de regulă metoda adoptată era doar reducerea la tăcere și interzicerea cărților. Galilei l-a susținut apoi pe viitorul papă Urban al VIII-lea.
Galilei s-a conformat o perioadă însă la ceva vreme după eveniment a publicat Dialogo sopra i due massimi sistemi del mondo. În carte (publicată într-un dialect local pentru a nu ridica mari suspiciuni, dar publicată cu acordul oficial al Papei și al Inchiziției) el compară, sub forma unui dialog (care era foarte la modă atunci) cele două mari teorii; culmea, concluzia e cât se poate de doctrinară -- există desigur ceva dovezi cum că varianta cu soarele în mijloc e cea corectă dar Sfânta Scriptură ne spune că nu e așa deci evident nu este, iar sistemul corect este cel geocentric, celălalt fiind cel mult bun ca model matematic.
Din păcate, unul dintre personajele cărții, Simplicitus, este un prelat destul de needucat, de origine modestă și cam sărac cu duhul (într-un sens nebiblic), iar formulările nu tocmai fericite ale lui Galilei l-au convins pe Urban al VIII-lea că bine strecurat între rânduri este de fapt un atac la persoana sa, drept pentru care a scos frumos din dosar actul oficial emis cu mulți ani înainte și așa a început procesul.
Edit: cât privește arderile pe rug, desigur Inchiziția este faimoasă pentru asta dar ele erau totuși relativ rare -- păstrate numai pentru cazurile grave de erezie și, ceva mai târziu, odată ce tribunalele locale au început să intre sub jurisdicția bisericilor locale, pentru vrăjitorie și alte asemenea. De regulă Inchiziția putea pur și simplu recurge la diverse forme de șantaj.