Welcome, Guest. Please login or register.

Autor Subiect: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing  (Citit de 6720 ori)

0 Membri şi 1 Vizitator vizualizează acest subiect.

Sab

  • Vizitator
Despre grid computing s-a mai discutat pe forumul acesta dar am deschis un nou topic pentru a va putea lasa cateva linkuri la proiecte din domeniul medicinei la care oricine poate participa cu ajutorul computerului personal.
Explicat simplu, este vorba sa instalati platforma numita BOINC luata de aici http://boinc.berkeley.edu/download.php. Apoi la sectiunea Tools dati sa va atasati la unul sau mai multe proiecte de preferinta. Cele mai populare proiecte din domeniul medicinei sunt (dati click pe icoane pentru link):

, , .

Eu particip inca din 2005 si am fondat de atunci impreuna cu cativa baieti  o echipa (momentan pe locul 4 in Romania) din care fac parte acuma aproape 350 de participanti. Puteti intra si voi , si desi nu este obligatoriu munca in echipa creaza competitivitate si deci rezultate mai multe :)

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=697
http://www.gpugrid.net/team_display.php?teamid=1489
http://docking.cis.udel.edu/community/team/display.php?teamid=359.

Pentru nelamuriri sau alte detalii dati un reply si va raspund.
« Ultima Modificare: Februarie 09, 2010, 06:01:33 p.m. de Sab »

Offline Adi

  • Global Moderator
  • *****
  • Mesaje postate: 11298
  • Popularitate: +15/-7
    • Site personal Adrian Buzatu
Re: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing
« Răspuns #1 : Februarie 09, 2010, 05:53:07 p.m. »
Foarte bun post, am facut un articol din el, ca sa aiba audienta si mai mare.
« Ultima Modificare: Februarie 09, 2010, 06:01:07 p.m. de Adi »
Pagina personala: http://adrianbuzatu.ro

Sab

  • Vizitator
Re: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing
« Răspuns #2 : Februarie 09, 2010, 05:59:43 p.m. »
pentru articol as putea traduce mai multe informatii pentru a-l face mai in detaliu.

Sab

  • Vizitator
Re: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing
« Răspuns #3 : Februarie 09, 2010, 07:30:04 p.m. »
Spre exemplu am tradus acum cativa ani un FAQ de pe pagina sitului Rosetta@home si sperand ca nu am gresit prea mult (nefiind din domeniu :) ), puteti intelege mai bine care sunt ideile din spatele proiectului.
Sau puteti urmari un , e mai usor :).


Ce este Rosetta@home?
Rosetta este un program de design si de prezicere a structurii proteinei.

Ce este o proteina?
Proteina este un polimer de amino-acizi care este codificat de o gena.

Ce sunt amino-acizii?
Amino-acizii sunt compusi chimici care formeaza blocurile de baza ale proteinelor. Exista 20 de tipuri diferite de amino-acizi care sunt specificati de codul genetic. Acesti 20 de amino-acizi se clasifica in diferite grupe bazate pe proprietatile lor chimice: acidice sau alcaline, hidrofilice sau hidrofobice.

Ce fac proteinele?
Proteinele indeplinesc multe functii esentiale in celulele organismelor vii. Ele reproduc si mentin ADN-ul, ajuta celulele sa creasca si sa se divida, si le opresc in a creste prea mult, dau celulei identitatea (ex. ficat, neuron, pancreas, etc.), ajuta celulele sa comunice intre ele.
Proteinele, cand devin mutante sau cand sunt afectate de toxine pot deasemenea sa cauzeze boli, cum ar fi cancerul sau alzheimer. Proteinele bacteriilor sau virusilor pot „intercepta” o celula si sa o omoare. Pe scurt, proteinele fac totul.

Cum pot proteinele sa-si indeplineasca toate functiile lor diferite?
Fiecare proteina are o structura sau o forma unica tridimensionala. Aceasta structura specifica functia proteinelor. De exemplu, o proteina care descompune glucoza astfel incat celula sa poata folosi energia inmagazinata in zahar, va avea o forma care sa recunoasca glucoza si sa se uneasca cu ea. Va avea amino-acizi care vor interactiona cu glucoza si o va descompune pentru a elibera energia.

De ce au proteinele structuri unice?
Se stie de mult ca pentru multe proteine starea nativa este la un minim termodinamic. Asta inseamna ca forma unica a proteinei este starea cea mai stabila pe care o poate adopta.

Ce forte determina structura nativa unica (cea mai stabila) a unei proteine?
Secventa de amino-acizi este suficienta sa determine starea nativa a unei proteine. Datorita diferitelor proprietati chimice, anumiti amino-acizi sunt atrasi unii de altii si astfel se asociaza; alti amino-acizi vor incerca sa
evite apa (saturati) si astfel vor „construi” proteina intr-o forma compacta.

De ce aste asa de dificil sa se determine structura nativa a unei proteine?
Chiar si proteinele mici pot fi alcatuite din 100 de amino-acizi. Numarul a unor potentiale forme disponibile unei proteine „relativ” mici este astronomic, deoarece exista multe grade de libertate. Ca sa se calculeze energia fiecarei stari posibile (pentru a se stabili forma cea mai stabila) este o problema de calcul dificil de rezolvat. Problema creste exponential cu marimea proteinei. Unele proteine pot fi uriase (1000 de amino-acizi).

Cum abordeaza Rosetta aceasta problema?
Filozofia proiectului rosetta este atat intelegerea proprietatilor fizico-chimice ale diferitelor tipuri de interactiuni dintre amino-acizi, cat si cunoasterea si evaluarea energiei a structurilor locale ce sunt probabile pentru secvente scurte de amino-acizi. Testand mai multe structuri, Rosetta ar putea descoperi cea mai joasa energie, deci, cea mai stabila structura nativa a unei proteine.

De ce are nevoie Rosetta de calcul distributiv pentru prezicerea structurilor?
In multe cazuri unde structura nativa a unei proteine este deja cunoscuta, am observat ca functiile de energie ale proiectului Rosetta pot recunoaste starea nativa ca fiind mai stabila decat in celelalte stari testate. Cand se porneste de la o structura aleatorie, totusi, am observat ca starea nativa nu este niciodata generata. Aplicand mai multa putere de calcul problemei, generam mai multe structuri, si putem incerca si diferite strategii de cautare pentru a vedea care este cea mai eficienta.

Offline Adi

  • Global Moderator
  • *****
  • Mesaje postate: 11298
  • Popularitate: +15/-7
    • Site personal Adrian Buzatu
Re: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing
« Răspuns #4 : Februarie 09, 2010, 07:55:13 p.m. »
Excelent, voi actualiza acel articol cu noile informatii.
Pagina personala: http://adrianbuzatu.ro

Offline Adi

  • Global Moderator
  • *****
  • Mesaje postate: 11298
  • Popularitate: +15/-7
    • Site personal Adrian Buzatu
Re: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing
« Răspuns #5 : Februarie 15, 2010, 06:00:09 p.m. »
Cu deosebita placere va anunt ca a avut loc fuziunea dintre Stiinta Azi si echipa Romania@boinc.ro, care si-a schimbat numele in Romania@StiintaAzi.ro. Pe toate paginile lor apare link si/sau logo catre Stiinta Azi si forumul Stiinta Azi. Un articol amplu care anunta aceasta a fost publicat acum pe siteul nostru.

Pentru promovare, voi face urmatorul link cu redirect la acest articol: StiintaAzi.ro/grid.

Multumiri lui Sab si a celorlalti membri ai echipei romanesti de grid computing pentru alaturarea la proiectul Stiinta Azi.
« Ultima Modificare: Mai 30, 2012, 06:15:52 p.m. de Scientia »
Pagina personala: http://adrianbuzatu.ro

Mihnea Maftei

  • Vizitator
Re: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing
« Răspuns #6 : Februarie 15, 2010, 07:08:45 p.m. »
Fain. Tocmai mi-am adaugat computerul la echipa Romania@StiintaAzi.ro la niste proiecte.

Sab

  • Vizitator
Re: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing
« Răspuns #7 : Februarie 15, 2010, 07:18:11 p.m. »
Succes mai departe in ceea ce faceti cu situl care este un proiect foarte bun in conditiile in care in Romania tabloidizata de azi este foarte greu sa gasesti articole de calitate si sustinute de dovezi.
Daca vrei drepturi de admin la echipe sa-mi zici te rog (admin=modificare descriere, acces la emailuri).
« Ultima Modificare: Februarie 15, 2010, 07:32:53 p.m. de Sab »

Offline Adi

  • Global Moderator
  • *****
  • Mesaje postate: 11298
  • Popularitate: +15/-7
    • Site personal Adrian Buzatu
Re: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing
« Răspuns #8 : Februarie 15, 2010, 07:40:08 p.m. »
M-am inscris si eu la Rosetta@home si la echpa noastra, dar vad ca nu apar pe lista ultimilor inscrisi (Mihnea apare).
Pagina personala: http://adrianbuzatu.ro

inger_demonizat

  • Vizitator
Re: Proiecte medicale la care puteti participa activ prin grid computing
« Răspuns #9 : August 19, 2010, 09:27:51 p.m. »
Scuze de lipsa din decor....
M-am inscirs si eu in proiectul respectiv numai ca nu prea stiu ce sa fac...cine ma indeamna si pe mine cu sa procedez?